L’església de Sant Joan de Lleida pateix des de fa temps filtracions d’aigua que provoquen humitats cada vegada més visibles a la paret del temple que dóna a la zona del Canyeret, a la base del Turó de la Seu Vella. Fonts del Bisbat van assenyalar que són coneixedores de la situació i que l’àrea de Patrimoni fa un seguiment d’aquestes filtracions per prevenir que hi hagi un deteriorament de la pedra que pogués suposar algun problema per a l’edifici, malgrat que per ara no s’ha detectat cap risc ni hi ha cap actuació prevista.
D’altra banda, el problema està provocat per un riu subterrani que baixa del turó de la Seu Vella per la zona del Canyeret i que també genera problemes a altres edificis situats en aquesta zona, com botigues de l’Eix Comercial.
L’església de Sant Joan Baptista es va construir entre finals del segle XIX i principis del XX, després de la demolició unes dècades abans del temple històric, situat on ara es troben els porxos de Sant Joan.
L’edifici actual també va ser rehabilitat als anys quaranta, després dels danys que va patir per un incendi en la dècada anterior. El bisbat està arreglant altres temples que s’han deteriorat com el de Rosselló i té sobre la taula actuacions en altres esglésies que també pateixen deteriorament de materials i d’estructura.
